一、汛前预防
选择地势较高、排水方便、没有洪水和内涝危害的田块作为生产场地。值得注意的是，在选择场地时，周边沟渠比场地内沟渠至少深15cm以上，否则极易发生内涝。
二、汛期巡检
时常巡查食用菌生产棚室是否存在倾斜、倒塌的风险，种植田块、生产棚室周边是否排水通畅，进入食用菌生产棚室前要观察电线是否正常，避免触电；周边环境是否存在滑坡等险情，若发现险情及时上报政府，人员不要进入菇房内；对因灾损坏倒塌的菇棚要及时采取补救措施，尽快修补或重新搭建。排水沟做到及时清理通畅。
三、加强病虫害防治
预防为主，采取农业、物理、化学、生物等综合防治技术，治早，治了。入汛期间菇场设施的门窗要安装防虫网、纱窗等；出入菇房随手关门，防止蝇、蚊成虫飞入产卵。加强场地通风，防止高温高湿，有利于减少病害发生。此外，人工捕杀、人工诱杀等措施也是有效的虫害防治办法。对已发生污染的菌包应及时清理，烧毁或深埋；使用化学农药应遵循最低限度原则，对已发生污染的菌床及时用生石灰覆盖，达到拟制霉菌繁殖，杀菌消毒作用。
四、灾后自救
1、及时加固和修复破损菇棚
对因灾损坏倒塌的菇棚要及时采取补救措施，尽快修补或重新搭建，避免灾后晴天高温对食用菌生产造成二次危害；未进行夏季生产的园区，及时清理、检查、加固栽培设施，为秋季生产做好准备。被洪水冲毁的菇棚，可将菌棒移至林下出菇。
2、积极抢收和及时晾晒加工
灾后及时采下可以采收的竹荪、灵芝等，利用晴好天气，及时将产品进行晒干处理，保证产品质量，尽量减少损失。含水量小的子实体有制冷条件的，可打冷后出售鲜品。及时采摘茶树菇等，利用现有烘干设备进行烘干。
3、合理处理受淹原材料和菌包
受淹原材料于天气晴朗后，及时进行摊晾、暴晒或加入3%～5%的生石灰进行堆置发酵，发酵结束后再晒干备用。受淹菌包要及时进行处理，出菇期的菌棒将积水倒净，散堆并加强通风，用1-2%的石灰水清液进行表面消毒后，待菌丝恢复后重新上架进行出菇管理；正在发菌期的菌包，因受淹而污染杂菌的菌包及时清理掉，菌丝良好的菌包重新放回菇架上培养。
4、抢时改种
对于菌丝已死亡的田块抢时改种二季晚稻或玉米、蔬菜、瓜果等经济作物。
5、做好灾后病虫害安全综合防控工作
灾后要及时对生产场所进行消毒处理，保持发菌及出菇场地清洁卫生，预防病虫害发生。将杂菌感染严重的菌棒、烂棒及时清理掉，移至离栽培场地较远的地方集中堆闷发酵处理，禁止随意丢弃或乱堆乱放，防止菌棒污染环境而导致大面积杂菌感染。灾后遇高温天气，要密切注意棚内气温，利用早晚加强通风，避免高湿、高温造成菌棒污染。晴天后用1-2%石灰水清液、800～1000倍液的高效绿霉净(或克霉灵)或农用链霉素30ppm杀菌剂对发菌及出菇场地进行消毒，隔天重复喷洒，防止病害大面积发生。
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